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ショップ設定の商品情報登録項目設定と
商品種別設定の登録項目設定の使い分けとしては、

ショップ設定の商品情報登録項目設定は、
サイトの全ての商品の共通項目になります。
例えば、どのような商品であっても「商品管理コード」の登録は必要。
といった場合に利用します。

商品種別設定の登録項目設定は、
例えば「衣服」という商品種別と「サプリ」という商品種別があった場合、
「衣服」には「寸法」という入力欄が必要だがそれは「サプリ」には不要で、
「サプリ」には「成分」が必要という場合に使用します。

＞＃商品種別設定の登録項目設定だけでも十分でしょうか？
という点につきましては、
ショップ設定の商品情報登録項目設定と
商品種別設定の登録項目設定の使い分けを踏まえた上でご判断いただけますと幸いです。